โรงเรียนส่วนบุญโญปถัมภ์ ลำพูน เริ่มจัดตั้งครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2471 โดยแยกการเรียนการสอนสตรีออกจากโรงเรียนประจำจังหวัดลำพูนเดิม (โรงเรียนจักรคำคณาทร ลำพูน) เพื่อจัดให้เป็นโรงเรียนสำหรับกุลสตรีโดยเฉพาะ
โดยชื่อ "ส่วนบุญโญปถัมภ์" ได้รับพระมหากรุณาธิคุณอุปถัมภ์จาก เจ้าหญิงส่วนบุญ จักรคำขจรศักดิ์ ชายาในพลตรีมหาอำมาตย์โท เจ้าจักรคำขจรศักดิ์ (เจ้าผู้ครองนครลำพูนองค์สุดท้าย) ซึ่งท่านได้เล็งเห็นความสำคัญด้านวิชาการและการยกระดับบทบาทสตรีล้านนาในหัวเมืองเหนือ
ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศปรับเปลี่ยนรูปแบบจากโรงเรียนสตรีล้วนเข้าสู่ "โรงเรียนสหศึกษา" เพื่อเปิดโอกาสทางการเรียนรู้ที่กว้างขวางแก่เยาวชนทั้งชายและหญิง พร้อมเปลี่ยนชื่อสถาบันอย่างเป็นทางการว่า "โรงเรียนส่วนบุญโญปถัมภ์ ลำพูน" โดยกำหนดให้วันที่ 22 กรกฎาคม ของทุกปี เป็นวันคล้ายวันสถาปนาโรงเรียน
"ดอกกาสะลอง" หรือดอกปีบ เป็นตัวแทนของความเรียบง่าย ความบริสุทธิ์ของดวงจิต และความร่มเย็นร่มรื่น ดอกปีบส่งกลิ่นหอมจรุงใจ เปรียบเสมือนศิษย์ของส่วนบุญโญปถัมภ์ ลำพูน ที่มุ่งมั่นสะสมคุณงามความดี มีกิริยามารยาทงดงามตามอัตลักษณ์ "ยิ้ม ไหว้ ทักทาย สวัสดี" ไปสร้างประโยชน์และชื่อเสียงความหอมขจรขจายในทุกส่วนของสังคมไทย
และสี น้ำเงิน-ขาว สีน้ำเงินหมายถึงความหนักแน่นในปัญญา ความมั่นคง ความจงรักภักดีต่อสถาบัน และสีขาวหมายถึงคุณธรรม ความซื่อสัตย์สุจริต และความดีงามอันบริสุทธิ์
